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新发现! DNA 计算机证实化学编程指日可待

发布于:2024-06-17 编辑:匿名 来源:网络

雷锋网注:图片来自 Erik Winfree/加州理工学院 单细胞利用自己的 DNA 进行分裂、繁殖和分化,以产生完全发育的有机体。

这可以说是化学计算中最巧妙的奥秘行为。

本周,《自然》杂志发表了一份研究报告,指出计算机科学家建造了第一台可广泛编程的 DNA 计算机,向使用化学计算迈出了关键的一步。

该系统利用 DNA 编写的指令来执行不同的 6 位程序。

以前的 DNA 计算机本质上是定制系统,只能解决特定问题。

但现在,研究人员使用新系统执行了 21 项测试程序。

在可编程物质中,化学软件自动指导复杂的可编程纳米材料的构建。

虽然这个仅由 DNA 和盐水组成的新系统本身并不是一项技术应用,但它使自组装可编程物质的发展又向前迈进了一步。

这项研究主要在加州理工学院(Caltech)进行。

研究负责人、计算机科学和教授生物工程的埃里克·温弗里(Erik Winfree)解释说,新系统的创建者“试图找出将计算行为嵌入化学中以控制化学行为的方法”。

DNA 形成由两条长链组成的梯状结构,每条长链含有四种化学物质。

这台计算机的原理是,由于化学序列的互补性,单条DNA链会与其他DNA链配对。

加州理工学院团队将他们的 DNA 序列设计为类似于 2 输入/2 输出布尔逻辑门。

其中五个门连接成一个层,该层通过 6 个输入和 6 个输出执行所需的计算。

但仅仅一层是无法完成计算的。

相反,一系列功能相同的层(其中一层的输出连接到另一层的输入)迭代执行计算,直到获得答案。

我们可以这样理解:经过层层连接,算法最终编织出一条包含计算过程的纳米级围巾。

Winfree 和他的团队将这些电路抽象地想象为两侧都有固定装置的方形瓷砖,使它们只能连接到具有互补固定装置的瓷砖,就像拼图一样。

计算机的完整指令集由不同类型的图块组成。

事实上,每个区块都不是一条 DNA 链,而是四条,这增加了足够的余地来克服意外错误。

为了让他们的计算顺利进行——本质上是合成一个计算晶体——研究人员需要某种结构,既可以作为起点,又可以容纳 DNA 进行组装。

达米恩·伍兹 (Damien Woods) 从事 DNA 计算机研究,现在在爱尔兰梅努斯大学工作。

他说:“我们希望DNA能够有序地连接在一起,形成一个电路,而不是像在溶液中那样随机粘在一起。

这种DNA是使用一种称为DNA折纸技术的技术设计的,长度为1纳米,宽度为20纳米纳米管。

计算晶体以类似于糖衣绳上的冰糖结晶的方式组装。

图片来自 Damien Woods/Maynooth 大学想要运行 6 位 DNA 计算机。

首先需要一个定制编译器。

“编译器融入了很多思想和科学,”伍兹说,它允许研究人员编写他们想要的任何软件算法,并通过各种抽象级别将算法转换为:逻辑到块,块到。

最后,它提供了一个指南,说明在 DNA 序列中添加什么、何时以及在什么温度下制作 DNA 折纸纳米管。

新发现! DNA 计算机证实化学编程指日可待

综合需要几个小时,计算需要大约一天的时间。

(温弗里指出,速度从来都不是重点。

)对于 Winfree 来说,结果是他职业生涯的一大进步。

“已经走了很长一段路了,”他说。

大约 25 年前,当他还是一名研究生时,他对数学瓦片理论与理论计算机科学之间的迷人联系产生了兴趣。

想知道这种联系是否可以扩展到描述晶体生长的模型“这让我很好奇是否会在生长过程中计算假晶体。

”现在我们知道可以。

雷锋网注:本文编译自 IEEE Spectrum 的版权文章。

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